Махновщина була переважно атеїстичним рухом. Анатолій Зайцев, один з провідників Махновщини, заявив, що "боротьба з релігією - це одна з великих мет цілей нашої революції". Проте, у махновців була певна толерантність до релігії, яка була пов'язана з їхніми ідеями волі та індивідуальної свободи.
У Махновщині не було офіційної релігії, і релігійні обряди не були практиковані в рамках їхніх організацій. Проте, окремі махновці можуть бути були віруючими та практикували свою релігію в особистих справах.
Також важливо відзначити, що Махновщина була широко підтримана українським селянством, яке переважно було православним. У боротьбі за визволення від австро-угорської та більшовицької влади, Махновщина співпрацювала з різними групами, включаючи релігійні організації, такі як українські православні та греко-католицькі церкви.